空間轉(zhuǎn)錄組（Spatial Transcriptomics）是指保留組織內(nèi)部精細(xì)區(qū)域的空間信息的全轉(zhuǎn)錄組測序。經(jīng)過一次實驗，即可得到全部基因表達(dá)，并可比對至實驗過程中H&E染色圖像，達(dá)到圖像化數(shù)據(jù)和數(shù)字化數(shù)據(jù)的高度整合分析?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析可以精確指示在特定的感興趣區(qū)域內(nèi)激活了哪些信號通路，發(fā)生了怎樣的細(xì)胞間通訊，完成分子特征驅(qū)動病理特征的機(jī)制解析?？臻g轉(zhuǎn)錄組以分子方式定義病理，完成了病理影像化至病理數(shù)字化結(jié)合病理影像化的革新，將在未來的精準(zhǔn)醫(yī)療研究中發(fā)揮舉足輕重的作用。

前幾期，小編已經(jīng)簡單介紹了Visium空間轉(zhuǎn)錄組的原理、實驗流程（【空間轉(zhuǎn)錄組】第一彈之原理與樣本制備，你都了解了嗎？），以及高分文章的實驗設(shè)計和研究思路，從小編分享的這幾篇空間轉(zhuǎn)錄組的高分文章中，可以看出冷凍切片的制備是整個空間轉(zhuǎn)錄組實驗的重點，決定了測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量。為了獲得能夠指示組織內(nèi)真實表達(dá)水平的切片，實驗過程需要在低溫環(huán)境下快速完成，以確保組織內(nèi)部RNA穩(wěn)定性，這也極大考驗實驗人員的熟練度和專業(yè)性！

那我們今天就來說一說冷凍切片需要注意的問題。

1、切片的實驗設(shè)計

大部分組織樣本都遠(yuǎn)超過芯片捕獲區(qū)域的面積（6.5mm X 6.5mm），因此，切割區(qū)域，切割剖面等實驗設(shè)計對于樣本利用率最大化、成本最低化十分重要。

2、切片的實驗設(shè)計

大部分組織樣本都遠(yuǎn)超過芯片捕獲區(qū)域的面積（6.5mm X 6.5mm），因此，切割區(qū)域，切割剖面等實驗設(shè)計對于樣本利用率最大化、成本最低化十分重要。

3、冷凍切片厚度

空間轉(zhuǎn)錄組是以點陣（spot）為單位記錄組織切片的空間信息，芯片上每個spot直徑55μm，spot中心點之間距離為100μm，而不同類型的細(xì)胞大小差異較大，因此，切片厚度、切片的質(zhì)量、細(xì)胞直徑?jīng)Q定了單點捕獲的細(xì)胞數(shù)量，從而影響空間轉(zhuǎn)錄組的解析分辨率。

為了獲得高質(zhì)量、完整體現(xiàn)組織中基因表達(dá)水平的冷凍切片，烈冰搭建了先進(jìn)的實驗平臺，并針對上述技術(shù)壁壘，不斷地探索練習(xí)進(jìn)行實驗操作流程優(yōu)化。

（一）實驗設(shè)計

烈冰團(tuán)隊會根據(jù)研究方向與應(yīng)用場景，與客戶深度溝通量身設(shè)計最適合的實驗方案，確保每一個實驗細(xì)節(jié)的有效實行。

（二）冷凍切片的質(zhì)量

烈冰已成功搭建頂級的實驗平臺，配置了先進(jìn)的冷凍切片機(jī)LEICA CM1950。搭配切片經(jīng)驗豐富的實驗團(tuán)隊，為不斷優(yōu)化冷凍切片及產(chǎn)品質(zhì)量提供硬件和技術(shù)保障。

萊卡冷凍切片機(jī)：

電動切片、步進(jìn)馬達(dá)確保冷凍切片的厚度、質(zhì)量及切片間一致性；

精細(xì)的定位控制可以滿足對細(xì)微組織的精密切割；

強(qiáng)大的制冷系統(tǒng)為切片溫度提供了有力保障。

（三）冷凍切片的厚度

冷凍切片厚度應(yīng)該根據(jù)組織類型有所調(diào)整，烈冰實驗團(tuán)隊親自操刀實練，對多種組織類型進(jìn)行測試優(yōu)化并確定最佳的切片厚度。此外，也可以根據(jù)樣本類別以及客戶的個性化需求，具體設(shè)定切片厚度，確保獲得高質(zhì)量的組織切片。

（四）冷凍切片的成像

掃描成像可能是影響組織切片原始圖像信息精度和準(zhǔn)確度的重要因素。烈冰針對空間轉(zhuǎn)錄組成像裝置——熒光顯微鏡進(jìn)行配置升級，以避免因切片高倍放大、多視野拍照導(dǎo)致的空間圖像缺失。

• 尼康多熒光通路全自動掃描顯微鏡，可以實現(xiàn)明場和多種熒光染色成像，適用于各種植物、動物組織染色切片；
  

• 配置優(yōu)良的APO物鏡，確保圖像邊緣具有卓越的分辨率；
  

• 搭配電動載物臺，精確控制樣本的移動路徑，獲取完整的組織切片成像信息。

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（五）完善的SOP實驗流程

烈冰經(jīng)過大量實操演練，制定了嚴(yán)謹(jǐn)規(guī)范的實驗室標(biāo)準(zhǔn)操作流程（SOP）并嚴(yán)格遵守，并根據(jù)客戶的不同樣本不斷進(jìn)行優(yōu)化，確保前期獲得最優(yōu)樣本。

（六） 充足的耗材庫存

烈冰的充足耗材庫存助力客戶樣本第一時間完成實驗，助力實驗快人一步。

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