服務熱線02152235399
Whole Transcriptome Sequencing
全轉錄組是指特定細胞在特定狀態(tài)下所能轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA（non-coding RNA）。針對非編碼RNA的研究主要集中在具有調控作用的miRNA，lncRNA和circRNA?；诙鷾y序技術的全轉錄組測序研究，同時分析同一樣本中的mRNA，lncRNA，circRNA，miRNA，并且通過兩兩關聯(lián)分析、三元關聯(lián)分析、多元關聯(lián)分析，使研究內容更加系統(tǒng)化，致力于深入挖掘生命現(xiàn)象背后的轉錄調控問題。
ceRNA（競爭性內源RNA）機制示意圖
Wang Y et al., Trends Genet, 2016
1. 雙文庫構建：small RNA文庫和去核糖體的鏈特異性文庫，烈冰 8年建庫經驗，保證建庫質量；
2. 4種RNA全方位分析：不僅能定量分析已知的lncRNA和miRNA，還能通過Stringtie重建轉錄本預測新的lncRNA；并通過預測的circRNA進行靶向分析 ，從而得到miRNA-mRNA、lncRNA-miRNA、以及circRNA-miRNA的靶向關系；
3. 數(shù)據(jù)庫全面整合：整合并定時升級生物學領域內公認數(shù)據(jù)庫和靶基因預測算法，如NP Inter、miRBase、RNAhybrid等，保證分析結果緊跟行業(yè)前沿；
4. 上游測序+下游驗證：客戶只需提供細胞，組織或者總RNA，烈冰為您完成從上機測序到數(shù)據(jù)分析整套服務流程，同時可進行后續(xù)qPCR驗證。
組織樣品：
1. 動物組織≥1g；
2. 植物組織≥2g；
3. 細胞樣品≥1×106個；
4. 全血≥5mL；
5. 菌體≥106個或≥30mg。
RNA樣品：
1. 樣品需求量： RNA≥10 μg；
2. 樣品濃度：RNA樣品≥100 ng/μl；
3. 樣品純度：OD260/OD280在1.8-2.2之間，OD260/OD230≥2，28S/18S≥1，動物樣品RIN≥7.0，植物樣品RIN≥6.5，RNA無明顯降解。
1. 客戶樣本：細胞量在106以上；
2. 總RNA提取及質控：凝膠電泳質控→Nanodrop質控→Agilent 2200質控；
3. small RNA文庫構建：切膠范圍10-50bp，單端測序SE50，文庫分子18-30bp；
4. 去核糖體文庫構建：逆轉錄后用RNase處理，去除rRNA；
5. 上機測序：烈冰建議選擇NovaSeq，雙端測序，通量大，堿基精度高，而且成本低，速度快。
差異lncRNAs火山圖分析和聚類分析
Yang F et al., Gene, 2016
注：(A)差異lncRNA火山圖分析結果，紅色表示顯著差異的lncRNA，藍色表示非顯著差異的lncRNA；(B)差異lncRNA聚類分析的Heat map，紅色越深表示lncRNA上調越顯著，藍色越深表示lncRNA下調越顯著。
lncRNA-miRNA靶向作用關系
Miao X et al., Sci Rep, 2016
注：紅色三角表示上調lncRNAs，綠色三角表示下調lncRNAs，紫色V型三角表示上調miRNAs，藍色V型三角表示下調miRNAs。
lncRNA-miRNA-mRNA Network
Miao X et al., Sci Rep, 2016
注：紫色三角形表示lncRNA，紅色圓點表示mRNA，黃色圓點表示關鍵mRNA，藍色V型三角表示miRNA。
差異基因GO分析和Pathway分析
Xu T et al., Oncogene. 2015
注：（a）lncRNA TINCR-siRNA VS scrambled siRNA差異基因聚類分析圖；（b）差異基因顯著富集的pathway條目；（c）差異基因顯著富集的GO條目。
circRNA預測工作流和預測結果（正常組織 VS 癌組織）
Chen W et al., Nat Neurosci. 2015/Zheng Q et al., Nature Communications, 2016
注：(a)橫坐標表示circRNA反向剪接reads數(shù)，縱坐標表示circRNA數(shù)量；(b)circRNA在基因組結構上的分布；(c)橫坐標表示exonic circRNA長度，縱坐標表示circRNA數(shù)量。
差異circRNA分析結果
Liu Q et al., Scientific Reports, 2016
注：左圖為差異circRNA的聚類分析圖(OA VS normal軟骨組織)；右圖為差異circRNA的火山圖，紅點表示差異顯著的circRNA。
circRNA-miRNA相互作用
Zheng Q et al., Nature Communications, 2016
注：該圖展示了circHIPK3相互作用的miRNAs的假定結合位點。
circRNA-miRNA-mRNA Network
Liu Q et al., Scientific Reports, 2016
注：綠色圓點表示circRNA，黃色菱形表示mRNA，紫色V型三角表示miRNA。
circRNA和蛋白編碼基因的WGCNA分析
Wang Z et al. Frontiers in plant science, 2017
注：該圖為WGCNA計算出來的不同module，與不同表型相關性高的module，并對moudle16以及兩個circRNA的關系網絡圖分別進行了可視化展示。
E50 VS E40和E60 VS E50差異mRNA/lncRNA韋恩圖
Li Y et al., BioMed Research International. 2019
注：左圖為E50 VS E40差異mRNA和E60 VS E50差異mRNA的韋恩分析結果；右圖為E50 VS E40差異lncRNA和E60 VS E50差異lncRNA的韋恩分析結果。
干預LncRNA GAS5的基因富集分析
Liu et al., Nat Commun, 2016
注：該圖為LncRNA GAS5過表達和敲低后，hESCs的基因富集分析結果。其中，ES表示富集度得分，NES表示ES標化后的值，得分越高表示該基因類別與該干預呈正相關。
[1] Lei B, Zhou J, Xuan X, et al. Circular RNA expression profiles of peripheral blood mononuclear cells in hepatocellular carcinoma patients by sequence analysis. Cancer Med. 2019 Feb 4. (IF=3.202)
[2] Li Y, Li GQ, Wang F, et al. Integrated Analysis of LncRNA-mRNA Coexpression in the Extracellular Matrix of Developing Deciduous Teeth in Miniature Pigs. BioMed Research International. 2019 Jan 23. (IF=2.583)
[3] Yu Y, Zhang M, Liu J, et al. Long Non-coding RNA PVT1 Promotes Cell Proliferation and Migration by Silencing ANGPTL4 Expression in Cholangiocarcinoma. Mol Ther Nucleic Acids. 2018 Dec 7;13:503-513. (IF=5.66)
[4] Qu S, Hao X, Song W, et al. Circular RNA circRHOT1 is upregulated and promotes cell proliferation and invasion in pancreatic cancer. Epigenomics. 2018 Nov 16;11(1):53-63. (IF=4.979)
[5] Yu Y, Zhang M, Wang N, et al. Epigenetic silencing of tumor suppressor gene CDKN1A by oncogenic long non-coding RNA SNHG1 in cholangiocarcinoma. Cell Death Dis. 2018 Jul 3; 9(7):746-758. (IF=5.638)
[6] Yin D, Lu X, Su J, et al. Long noncoding RNA AFAP1-AS1 predicts a poor prognosis and regulates non-small cell lung cancer cell proliferation by epigenetically repressing p21 expression. Mol Cancer. 2018 May 24;17(1):92. (IF=7.776)
[7] Liang Ding,et al. A novel stromal lncRNA signature reprograms fibroblasts to promote the growth of oral squamous cell carcinoma via LncRNA-CAF/interleukin-33. Carcinogenesis. 2018 Mar 8;39(3):397-406. (IF=5.105)
[8] Sun D,et al.LncRNA GAS5 inhibits microglial M2 polarization and exacerbates demyelination. EMBO Rep. 2017 Oct;18(10):1801-1816. (IF=8.568)
[9] Lai, Z.Y. et al. Analysis of co-expression networks for circular RNAs and mRNAs reveals that circular RNAs hsa_circ_0047905, hsa_circ_0138960 and hascircRNA7690-15 are candidate oncogenes in gastric cancer. Cell Cycle. 2017 Oct 5:1-11. (IF=3.53)
[10] Zhang E, et al. H3K27 acetylation activated-long non-coding RNA CCAT1 affects cell proliferation and migration by regulating SPRY4 and HOXB13 expression in esophageal squamous cell carcinoma. Nucleic Acids Res. 2017 Apr 7;45(6):3086-3101.. (IF=10.162)
[11] Xu C, et al. Long non-coding rna gas5 control human embryonic stem cell self renewal by maintaining nodal signaling. Nat Commun. 2016 Nov 4;7:13287. (IF=12.124)
[12] Zheng Q, et al. Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs. Nat Commun. 2016 Apr 6;7:11215. (IF=11.47)
[13] Liu Q, et al. Circular RNA Related to the Chondrocyte ECM Regulates MMP13 Expression by Functioning as a MiR-136 ‘Sponge’ in Human Cartilage Degradation. Sci Rep. 2016 Mar 2;6:22572. (IF=5.578)