在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析專題前兩期的講解中,小編已經(jīng)為大家介紹了數(shù)據(jù)的質(zhì)控、標(biāo)準(zhǔn)化和聚類,以及細(xì)胞類型的鑒定,不知道大家是否還記得這個(gè)細(xì)胞類型鑒定的圖呢?
鑒定好細(xì)胞類型后,我們還可以對(duì)其進(jìn)行一些功能性分析,如擬時(shí)序分析和SCENIC分析,對(duì)細(xì)胞的生物學(xué)意義進(jìn)行一定程度上的挖掘。本期小編主要為大家介紹擬時(shí)序分析(Pseudotime Analysis)。
1、Q & A環(huán)節(jié)
Q1:我們?yōu)槭裁匆M(jìn)行擬時(shí)序分析??
l 機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激,其細(xì)胞會(huì)從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”;
l 當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時(shí),往往會(huì)經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組,導(dǎo)致一些基因被沉默,一些基因被重新激活,但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的;
l ScRNA-seq擬時(shí)序分析可以讓我們?cè)诓恍枰兓那闆r下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。
Q2:ScRNA-seq擬時(shí)序分析是什么??
擬時(shí)序分析,即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況,構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育,但這里的時(shí)間并不是真時(shí)間,而是一個(gè)虛擬的時(shí)間,是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。
l 即使在同一個(gè)樣本中,也會(huì)存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此,不論測(cè)定了多少樣本,我們都可以采用擬時(shí)序分析對(duì)樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。
Q3:擬時(shí)序分析用的工具是啥?它能進(jìn)行哪些分析?
l Monocle是用于ScRNA-seq擬時(shí)序分析的經(jīng)典工具(R包),目前已更新至3版本;
l Monocle是使用算法來學(xué)習(xí)細(xì)胞狀態(tài)轉(zhuǎn)變過程中每個(gè)細(xì)胞必須經(jīng)歷的基因表達(dá)變化序列,一旦了解了基因表達(dá)變化的整體“軌跡”,Monocle就可以將每個(gè)細(xì)胞放置在軌跡中的適當(dāng)位置。
l 我們可以使用Monocle中的相關(guān)分析工具做Beam分析(Branch Expression Analysis Modeling),揭示重要的基因和細(xì)胞。
(算法參考文獻(xiàn):Reversed graph embedding resolves complex single-cell trajectories.)
2、烈冰擬時(shí)序分析工作流搭建
3、擬時(shí)序分析結(jié)果解讀
對(duì)于擬時(shí)序分析來說,研究某一特定細(xì)胞類型的轉(zhuǎn)化,如M1/M2型巨噬細(xì)胞極化、CD8+ T細(xì)胞激活和耗竭等等,往往具有一定的生物學(xué)意義。這里小編通過對(duì)上期T細(xì)胞進(jìn)行亞群鑒定,以CD8+ T細(xì)胞亞型為例進(jìn)行擬時(shí)序分析(圖1)。
圖1 CD8+ T細(xì)胞亞群鑒定流程
(1)CD8+ T細(xì)胞樹形結(jié)構(gòu)軌跡
圖2 CD8+ T細(xì)胞樹形結(jié)構(gòu)軌跡
圖中每個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)細(xì)胞,具有相似狀態(tài)的細(xì)胞被聚到一起,每個(gè)分支點(diǎn)代表一個(gè)可能的細(xì)胞生物學(xué)過程決策點(diǎn)(該例圖中只有1個(gè)分支點(diǎn))。圖2展示了CD8+ T細(xì)胞每個(gè)cluster在偽時(shí)間軸上的分布,不同顏色代表不同cluster。我們這邊通過對(duì)每個(gè)cluster進(jìn)行細(xì)胞類型鑒定,初步將cluster 2/3/6鑒定為記憶T細(xì)胞,cluster 7鑒定為Na?ve T細(xì)胞。
(2)CD8+ T細(xì)胞所處分化時(shí)間軌跡
Monocle基于離默認(rèn)偽時(shí)間軸起點(diǎn)的遠(yuǎn)近,將細(xì)胞排布如圖3所示。在該圖中顏色越深代表默認(rèn)的起點(diǎn),顏色越淺表示離偽時(shí)間軸起點(diǎn)越遠(yuǎn)。注意:這邊的起點(diǎn)是monocle算法計(jì)算出來的,而非實(shí)際真正的起點(diǎn)。
圖3 CD8+ T細(xì)胞所處分化時(shí)間的軌跡圖
以該例圖為例,我們結(jié)合每個(gè)分支(共3個(gè)分支)中的cluster類群是否高表達(dá)CD8+ Na?ve T細(xì)胞相關(guān)Marker(如LEF1、SELL和CCR7等), 耗竭性T細(xì)胞相關(guān)Marker(如LAG3、HAVCR2、CD27、TIGIT等),以及細(xì)胞增殖相關(guān)Marker(如MKI67、TOP2A、CCNB1等),將起始狀態(tài)鑒定為Na?ve T細(xì)胞,終末狀態(tài)為耗竭性(Cell fate 1)和增殖型(Cell fate 2)T細(xì)胞。
(3)Beam分析
確定了分化起點(diǎn)后,Monocle可以模擬出每個(gè)細(xì)胞所處的分化時(shí)間,并尋找隨著分化時(shí)間逐漸升高或降低的基因表達(dá)熱圖和分布圖,即Beam分析。圖4將Top200差異基因聚成4類,展示了pre-branch向cell fate1和cell fate2狀態(tài)分化相關(guān)的命運(yùn)決定基因。圖5展示了與細(xì)胞增殖相關(guān)的基因,如MKI67和TOP2A在cluster 5中高表達(dá),提示cluster 5作為CD8+ Na?ve T細(xì)胞終末分化狀態(tài)是一種增殖型細(xì)胞(Proliferating)。除此之外,如果有特別關(guān)注的基因也可以基于關(guān)注的基因進(jìn)行繪制。
圖4 擬時(shí)序Beam分析基因表達(dá)熱圖
圖5 擬時(shí)序Beam分析基因表達(dá)分布圖
總的來說,通過對(duì)CD8+T細(xì)胞亞型進(jìn)行擬時(shí)序分析得到了CD8+ T細(xì)胞的分化軌跡,進(jìn)行Beam分析可以幫助得到與狀態(tài)分化相關(guān)的命運(yùn)決定基因。以上,就是本期單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析——擬時(shí)序分析的全部?jī)?nèi)容,敬請(qǐng)期待下期SCENIC分析的精彩內(nèi)容~