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當(dāng)前位置:博客 > 單細(xì)胞

了解植物單細(xì)胞,從了解擬南芥的根開始

時(shí)間:2020-02-27    |    閱讀量:11237

單細(xì)胞測序技術(shù)現(xiàn)已被廣泛應(yīng)用于腫瘤學(xué),發(fā)育學(xué),和神經(jīng)科學(xué)等多個(gè)生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域,并通過多組學(xué)的聯(lián)合分析,在醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域展現(xiàn)出廣闊的發(fā)展前景。于此同時(shí),隨著Smart-seq2,Drop-seq,以及SPLiT-seq等單細(xì)胞測序技術(shù)的推陳出新,BD Rhapsody和10×Genomics商業(yè)化單細(xì)胞測序平臺的出現(xiàn),單細(xì)胞測序的通量及應(yīng)用范圍也在不斷加深。

由于植物細(xì)胞制備的限制,植物單細(xì)胞研究稍晚于動物領(lǐng)域,但自2019年以來,植物領(lǐng)域共有7篇單細(xì)胞文章被發(fā)表,這充分說明單細(xì)胞測序在植物領(lǐng)域已經(jīng)開始生根發(fā)芽,在不遠(yuǎn)的將來單細(xì)胞測序技術(shù)在植物領(lǐng)域也將會開枝散葉,結(jié)出更多壯碩美味的果實(shí)。

一、文獻(xiàn)分享

本期我們將以國內(nèi)首篇單細(xì)胞文章為例,為大家簡單介紹一下植物單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的相關(guān)進(jìn)展。

2019年4月,國際期刊Molecular Plant在線發(fā)表了中國科學(xué)院分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心/植物生理生態(tài)研究所王佳偉課題組的研究結(jié)果“A Single-Cell RNA Sequencing Profiles the Developmental landscape of Arabidopsis Root”。



實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

物種與材料:85個(gè)擬南芥根尖(0.5cm長根尖區(qū)域)

材料處理:Cellulase R-10,Macerozyme R-10

單細(xì)胞平臺:10×Genomics

測序平臺:Illumina NovaSeq

分析細(xì)胞數(shù):7695 Cells

結(jié)果展示

植物根系通過對水分、礦質(zhì)元素的吸收和轉(zhuǎn)運(yùn),為植物生長發(fā)育提供著營養(yǎng)支撐。植物根系細(xì)胞組成的異質(zhì)性,是植物根系實(shí)現(xiàn)功能的基礎(chǔ)。


圖一擬南芥根冠細(xì)胞的異質(zhì)性


研究人員利用單細(xì)胞測序技術(shù),成功解析擬南芥根冠細(xì)胞的異質(zhì)性,通過tSNE和UMAP等算法(圖一)構(gòu)建擬南芥根系發(fā)育圖譜,鑒定了24個(gè)細(xì)胞類型,確定了根冠不同細(xì)胞的Marker genes。


圖二 細(xì)胞間離子同化和激素響應(yīng)的獨(dú)特性


圖三 細(xì)胞分裂素對側(cè)根根冠的調(diào)節(jié)

本研究進(jìn)一步利用UMAP的展示效果(圖二),體現(xiàn)出植物激素和離子同化在細(xì)胞類型間的不同。如生長素合成(IAA biosynthesis)和油菜素甾醇合成(BR biosynthesis)主要集中在韌皮部和中柱鞘(cluster1 和 cluster7),并利用熒光標(biāo)記(DR5生長素響應(yīng)元件,TCSn細(xì)胞分裂素響應(yīng)元件)和突變體植物,驗(yàn)證了生長素和細(xì)胞分裂素在根系細(xì)胞間分布的差異,證明了細(xì)胞分裂素在表皮細(xì)胞分化和側(cè)根根冠發(fā)育過程中的重要性(圖三)。

總的來說,本研究利用單細(xì)胞測序技術(shù)重構(gòu)擬南芥根系轉(zhuǎn)錄圖譜,為植物發(fā)育學(xué)研究提供了新的思路和方法。


文獻(xiàn)鏈接:https://doi.org/10.1016/j.molp.2019.04.004


三、 文章統(tǒng)計(jì)

小編將2019年植物領(lǐng)域發(fā)表的7篇單細(xì)胞文章進(jìn)行了匯總整理,后臺留言“植物單細(xì)胞文章”獲取原文~