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金秋9月，烈冰重磅推出了14999元/樣本單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)新方案！包括PanoCell微孔芯片+BD磁珠+BD全套試劑+BD全套Protocol的一站式精準(zhǔn)服務(wù)?？梢垣@得完整的樣本基因表達(dá)信息，幫助用戶更好的對(duì)細(xì)胞進(jìn)行注釋。
作為烈冰自主研發(fā)的首款單細(xì)胞測(cè)序的產(chǎn)品，Panocell微孔芯片不僅僅是降低了實(shí)驗(yàn)成本，在實(shí)戰(zhàn)結(jié)果上更是擁有與BD原裝微孔板相媲美的表現(xiàn)！空口無(wú)憑，接下來(lái)小編為大家奉上新鮮出爐的實(shí)戰(zhàn)數(shù)據(jù)測(cè)評(píng)。當(dāng)然，在這之前請(qǐng)跟隨小編簡(jiǎn)單回顧下PanoCell實(shí)驗(yàn)測(cè)評(píng)內(nèi)容吧~
實(shí)驗(yàn)性能（Experimental performance）
PanoCell芯片的細(xì)胞捕獲表現(xiàn)十分出彩，多次實(shí)驗(yàn)的驗(yàn)證下，PanoCell與BD原裝芯片的捕獲細(xì)胞情況是高度一致的。
下圖為：PanoCell vs BD原裝實(shí)驗(yàn)效果對(duì)比
與BD Rhapsody?單細(xì)胞平臺(tái)高度適配，實(shí)現(xiàn)與BD全套試劑和protocol的無(wú)縫對(duì)接，搭配烈冰一站式精準(zhǔn)服務(wù)，為您的科研提供最大助力！
下圖為PanoCell：細(xì)胞+磁珠落孔、回收實(shí)拍結(jié)果
實(shí)驗(yàn)過(guò)程眼見(jiàn)為實(shí)，數(shù)據(jù)結(jié)果更不是紙上談兵。接下來(lái)，小編為您呈現(xiàn)新鮮滾燙的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)測(cè)評(píng)結(jié)果！！
注：以下數(shù)據(jù)結(jié)果均來(lái)源于同一樣本（肺組織）解離后的細(xì)胞懸液，相同實(shí)驗(yàn)條件（時(shí)間，儀器，試劑，初始上機(jī)細(xì)胞數(shù)等，即除捕獲芯片外其他條件均一致）和實(shí)驗(yàn)人員操作下獲得實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)。
Part 1 捕獲細(xì)胞數(shù)量實(shí)測(cè)
眾所周知，單細(xì)胞測(cè)序需在分析過(guò)程中根據(jù)Cell Barcode確認(rèn)有效的細(xì)胞數(shù)量。我們對(duì)同一細(xì)胞懸液，隨機(jī)分選相同細(xì)胞數(shù)量后進(jìn)行上機(jī)捕獲，以默認(rèn)按UMI500條件篩選細(xì)胞（低于UMI500的很可能是懸液中游離RNA或細(xì)胞碎片）結(jié)果顯示，兩種微孔板得到的曲線情況非常接近。
實(shí)際數(shù)據(jù)來(lái)看：
①捕獲細(xì)胞數(shù)量：兩個(gè)樣本分別捕獲2944個(gè)細(xì)胞（PanoCell）和3145個(gè)細(xì)胞（BD）；
②Mean Reads per Cell：均在45K reads以上，符合單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析標(biāo)準(zhǔn)，其中PanoCell ：48.5k reads per cell，BD：45.18k reads per cell；
③數(shù)據(jù)利用率（Fraction Reads in Cells）：達(dá)到了理想值80%以上；
④數(shù)據(jù)利用率與測(cè)序飽和度（Sequencing Saturation）方面，PanoCell微孔板稍優(yōu)于BD微孔板。相同條件下細(xì)胞捕獲數(shù)量和測(cè)序深度近乎一致，PanoCell微孔板在數(shù)據(jù)質(zhì)控環(huán)節(jié)表現(xiàn)出色。
為測(cè)評(píng)實(shí)際捕獲細(xì)胞基因表達(dá)情況，我們分析了Gene 和UMI Counts等數(shù)據(jù)指標(biāo)，結(jié)果顯示：PanoCell和BD微孔板不僅在細(xì)胞捕獲數(shù)量上沒(méi)有明顯差異，在捕獲總Gene數(shù)量（24635 vs 24961），平均中位數(shù)基因（2835.5 vs 2689），中位數(shù)UMI Counts（6341.5 vs 6049）上也近乎一致。具體數(shù)值見(jiàn)下表：
數(shù)據(jù)mapping到基因組環(huán)節(jié)，PanoCell和BD樣本mapping到基因組上的reads數(shù)分別為25179.86和23358.47，PanoCell樣本的mapping結(jié)果稍優(yōu)于BD原裝微孔芯片。其中mapping 到基因間區(qū)、內(nèi)含子區(qū)和外顯子區(qū)的具體情況見(jiàn)下表：
在初始數(shù)據(jù)質(zhì)控后和表達(dá)量統(tǒng)計(jì)后，分析過(guò)程還會(huì)對(duì)死細(xì)胞、雙細(xì)胞、低質(zhì)量細(xì)胞和批次效應(yīng)多種可能存在的偏差因素進(jìn)行數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化校正，力求獲得準(zhǔn)確無(wú)偏差的預(yù)處理后的單細(xì)胞基因表達(dá)數(shù)據(jù)。例如：線粒體占比（percent mito，MT值）常作為判斷捕獲細(xì)胞質(zhì)量的參考標(biāo)準(zhǔn)之一（細(xì)胞（瀕臨）死亡時(shí)，細(xì)胞膜通透性改變，胞質(zhì)RNA外流，胞內(nèi)核酸總量減少，但線粒體內(nèi)的核酸受膜保護(hù)不會(huì)外流，使占比會(huì)隨之升高，因此MT值越高，越可能是質(zhì)量差或已死亡的細(xì)胞）。
在本次實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化階段，從基因數(shù)（nFeature），UMI數(shù)（nCount）和MT值等統(tǒng)計(jì)情況看，兩種實(shí)驗(yàn)芯片的標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)結(jié)果非常接近，PanoCell芯片在實(shí)驗(yàn)細(xì)胞捕獲和前端數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)方面具備媲美原裝芯片的強(qiáng)大實(shí)力。
以上便是此次小編為大家?guī)?lái)的數(shù)據(jù)分析前端實(shí)戰(zhàn)測(cè)評(píng)結(jié)果。總的來(lái)說(shuō)，PanoCell微孔芯片在捕獲細(xì)胞數(shù)，基因數(shù)，UMI Counts數(shù)，mapping率和數(shù)據(jù)標(biāo)化等關(guān)鍵指標(biāo)上，與BD原裝芯片樣本實(shí)驗(yàn)結(jié)果基本一致，具備優(yōu)良的實(shí)驗(yàn)服務(wù)水準(zhǔn)，能精確捕獲單個(gè)細(xì)胞，反映出細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄狀態(tài)，且具備強(qiáng)有力的價(jià)格優(yōu)勢(shì)！烈冰出品，必屬精品，一站式精準(zhǔn)服務(wù)，要做就做最懂你的單細(xì)胞平臺(tái)！
烈冰生物成立于2010年，專注于單細(xì)胞測(cè)序領(lǐng)域科研服務(wù)和設(shè)備耗材研發(fā)。自2016年起連續(xù)被評(píng)為高新技術(shù)企業(yè)，已獲得4項(xiàng)專利和36項(xiàng)軟件著作權(quán)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)方面，烈冰搭建10X/BD單細(xì)胞測(cè)序雙平臺(tái)、流式分選平臺(tái)、Novaseq6000 測(cè)序平臺(tái)和NovelBrain®生信數(shù)據(jù)分析平臺(tái)。
烈冰支持每位科研和醫(yī)務(wù)工作者，致力于研發(fā)創(chuàng)新技術(shù)產(chǎn)品、結(jié)合現(xiàn)有一流高通量測(cè)序技術(shù)平臺(tái)，為用戶提供一流服務(wù)和解決方案，目前已發(fā)表Nature Cell Biology，Immunity等國(guó)際前沿期刊單細(xì)胞測(cè)序文章14篇，助力多種腫瘤、腦神經(jīng)、白血病，Covid-19等等多組織疾病類型的高分文獻(xiàn)發(fā)表！
助力探索生命時(shí)空多維度、全方位的動(dòng)態(tài)變化的生物學(xué)信息；助力精準(zhǔn)醫(yī)療時(shí)代！