本研究由復旦大學基礎醫(yī)學院及生物醫(yī)學研究院儲以微教授和劉榮花研究員團隊合作,文章于2022年6月3日發(fā)表在Immunity雜志(IF=43.474)上,題目為Leucine-tRNA-synthase-2-expressing B cells contribute to colorectal cancer immunoevasion。
烈冰生物參與本研究中的單細胞測序工作,這也是我們單細胞測序服務助力發(fā)表的第三篇immunity文章,下面一起來了解下本文的研究思路和成果吧~
樣本處理
荷瘤小鼠(T1和 T3分期)CRC和正常結腸組織,分選CD45+免疫細胞
單細胞捕獲平臺
烈冰生物10X Genomics平臺
單細胞測序,流式分選,靶向代謝組學,細胞共培養(yǎng),免疫熒光,染色質免疫沉淀,實時逆轉錄PCR分析等
細胞聚類分析,subCluster分析,差異基因表達分析,GO/Pathway分析,擬時序分析,細胞通訊分析和 QuSAGE分析等
研究人員首先從CRC荷瘤小鼠的結直腸癌樣本中分選了腫瘤浸潤CD45+細胞進行單細胞測序實驗,對獲得的細胞進行了分群和B細胞、漿細胞(PC)的subCluster分析,發(fā)現LARS B細胞亞群獨立于卵泡B細胞亞群(FOB)、生發(fā)中心B細胞亞群(GCB)和PC亞群?;诓町惐磉_基因和QuSAGE分析發(fā)現,LARS B高度表達Lars2并與亮氨酸生物合成和線粒體氨酰-tRNA生物合成功能顯著相關。
此外,隨著腫瘤的生長,LARS B數量增加。擬時序分析顯示LARS B細胞源自FOB細胞并向PC分化。但與PC不同的是,LARS B高表達Ptprc、Pax5、和Tgfb1等基因,表型上類似于漿細胞前體細胞,表達漿細胞驅動基因Prdm1,但抗體分泌能力較低,并通過TGF-β1與Treg細胞通訊密切。
團隊進一步利用免疫組化染色發(fā)現LARS B存在于TLS以外的腫瘤間質,而正常組織、骨髓、脾臟和外周血中極少存在。而收集臨床CRC患者的腫瘤組織,息肉和配對的正常組織及外周血樣本分析表明,LARS B也存在于CRC患者中。此外利用90例CRC患者的組織芯片染色結果顯示,組織內LARS B的富集與不良預后呈現正相關。
進一步探究LARS B形成的原因和功能,發(fā)現相比其他氨基酸,亮氨酸在腫瘤浸潤B細胞高度富集;TGF-β1的分泌也與亮氨酸濃度有關。在化學誘導和原位腫瘤兩種CRC小鼠模型中,高亮氨酸飲食使腫瘤局部產生更多的LARS B并伴隨著TGF-β1的增加,進而促進腫瘤進展。細胞體外共培養(yǎng)證實LARS B存在對TGF-β1依賴的調節(jié)性特征,進而促進Treg形成。
機制研究發(fā)現LARS B的核心基因Lars2定位在線粒體,對線粒體呼吸鏈復合體I-V蛋白翻譯至關重要。B細胞中缺失Lars2,線粒體呼吸鏈復合體的蛋白質表達(復合物I、NADH脫氫酶等)受到抑制,進而導致NADH向NAD+再生和TGF-β1的產生受阻。相較于瘤內的其他B細胞亞群,LARS B的線粒體代謝增強,特別是NAD+的再生,而NAD+依賴的去乙?;福⊿IRT1)通過去乙?;D錄因子(PAX5),使其與Tgfb1啟動子區(qū)的結合能力增強,促進了Tgfb1轉錄。
鑒于LARS B的亮氨酸依賴性特點,研究人員提出了一種安全有效的亮氨酸節(jié)律飲食方案,以7天為一個周期,其中4天正常飲食,3天采用亮氨酸缺失飲食方式,該方案顯著抑制LARS B細胞介導的結直腸癌免疫逃逸,減緩了腫瘤進展。鑒于腸癌與飲食的密切關系,該食療方案將助益腸癌的臨床防治和患者的個人飲食管理。
總的來說,團隊利用單細胞測序技術系統分析了結直腸癌不同階段的腫瘤浸潤B細胞,首次發(fā)現一群高表達亮氨酸t(yī)RNA合成酶2 (LARS2) 的B細胞新亞群 (LARS B)。這群LARS B不僅具有TGF-β1主導的調節(jié)性特征,還具有亮氨酸營養(yǎng)偏好。基于此,團隊提出通過限制亮氨酸飲食清除LARS B細胞、激活抗腫瘤免疫效應。
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