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助力復(fù)旦大學(xué)腫瘤醫(yī)院CircRNA在癌癥組織中研究發(fā)表Nature文章 時(shí)間:2016-04-22
復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院依托烈冰科技云平臺NovelBrain,從多種健康組織和癌癥組織中鑒定出大量環(huán)狀RNA,并對其中的circHIPK3進(jìn)行了深入的研究,以詳實(shí)的分析與實(shí)驗(yàn)證明了circHIPK3可能的miRNA sponge功能。題為《Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs》的研究成果在線發(fā)表于權(quán)威期刊《Nature Communications》。


值得一提的是,這篇文章的數(shù)據(jù)分析是在烈冰生信團(tuán)隊(duì)精心打造出的NovelBrain云計(jì)算平臺上完成的。這也是烈冰NovelBrain云計(jì)算平臺從幕后走到臺前,第一次出現(xiàn)在權(quán)威知名期刊,正式地為卓越的研究工作提供堅(jiān)實(shí)的技術(shù)支撐,邁出了具有里程碑意義的第一步。

文章的整體思路:



NovelBrain生物信息云平臺實(shí)現(xiàn)了高通量測序數(shù)據(jù)分析的流程化、自動(dòng)化。文章數(shù)據(jù)分析基于平臺中circRNA分析流程。RNA-seq的序列共鑒定出27296條circRNA,通過與數(shù)據(jù)庫中已有的circRNA比對,研究者注釋了8225條新circRNA。并通過qPCR、RNA-FISH、northern blot、sanger測序等實(shí)驗(yàn)手段驗(yàn)證了circRNA確實(shí)是存在的。然后通過Luciferase分析和miRNApull down實(shí)驗(yàn)以及對circHIPK3的過表達(dá)和knock down之后circHIPK3、其host基因HIPK3以及miR-124的表達(dá)量變化,驗(yàn)證了circHIPK3通過結(jié)合miR-124發(fā)揮miRNA sponge的功能。

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