近日,烈冰NovelBrain®云計(jì)算平臺與中山大學(xué)醫(yī)學(xué)院人類病毒學(xué)研究所簽訂合作協(xié)議,對聯(lián)合開發(fā)病毒與健康大數(shù)據(jù)達(dá)成共識,平臺提供專業(yè)的病毒疾病數(shù)據(jù)庫及大數(shù)據(jù)分析框架,更方便的對接臨床健康領(lǐng)域。雙方旨在全面推進(jìn)病毒產(chǎn)學(xué)研一體化研究,為病毒學(xué)精準(zhǔn)醫(yī)療時(shí)代貢獻(xiàn)中堅(jiān)力量。
中山大學(xué)人類病毒學(xué)研究所由10多位國內(nèi)外知名病毒學(xué)家和免疫學(xué)家組成,主要研究方向?yàn)榱鞲?、艾滋、乙型肝炎等重大人類致病病毒的特異性藥物研發(fā)與免疫細(xì)胞的再生工程。
團(tuán)隊(duì)帶頭人張輝教授,曾任美國賓州托馬斯-杰佛遜大學(xué)人類病毒學(xué)和生物防護(hù)研究所副所長,長期參與了很多美國NIH、NSF科研項(xiàng)目的評估,也參與了很多國家包括英國、法國、荷蘭、以色列、日本等國家或私人基金會科研項(xiàng)目的評估,并擔(dān)任了中國若干科研項(xiàng)目包括長江學(xué)者、SARS專項(xiàng)、重大傳染病專項(xiàng)的海外評審專家。2009年至今,負(fù)責(zé)組建中山大學(xué)人類病毒學(xué)研究所,主要從事HIV分子生物學(xué)研究及抗病毒藥物研發(fā)。張輝教授在《NEJM》、《Nature》、《Nature Medicine》、《PNAS》、《JBC》、《JVI》等權(quán)威刊物發(fā)表SCI論文近100篇,論文總引用量超過5000次,擁有20多項(xiàng)國內(nèi)和國外授權(quán)專利。在張輝教授的帶領(lǐng)下,病毒所團(tuán)隊(duì)已成功開發(fā)出多個新型的抗艾滋、乙肝、寨卡、埃博拉病毒候選藥物,在人類與病毒的長期斗爭中做出了重大貢獻(xiàn)。
此次中山大學(xué)人類病毒研究所選擇搭建NovelBrain®-Legend最高配置版L7,為團(tuán)隊(duì)研究者乃至全??蒲腥藛T提供了一個專業(yè)智能化的全自動數(shù)據(jù)分析和管理平臺,借助NovelBrain®-Legend一體機(jī),采用專業(yè)的生物信息分析手段,對生物大數(shù)據(jù)進(jìn)行快速準(zhǔn)確的核心信息篩選,鎖定有價(jià)值的藥物靶點(diǎn)。同時(shí),平臺的項(xiàng)目管理系統(tǒng)可記錄實(shí)驗(yàn)進(jìn)程、協(xié)調(diào)多人合作、提高分析效率、加快研究進(jìn)展,助力病毒所研究團(tuán)隊(duì)取得更多的科研成就,向下一個病毒研究突破點(diǎn)邁進(jìn)。
該平臺目前已完成裝機(jī),為了使用戶能夠更加快速上手平臺操作,烈冰特地為病毒所老師召開了主題講座,主講人宗杰博士(烈冰科技CTO,NovelBrain®云平臺主架構(gòu)師)在現(xiàn)場為大家介紹了NovelBrain®-Legend一體機(jī)的平臺操作流程,可為各類研究提供的生物信息分析方法以及自主上線分析工具的注意事項(xiàng)等。
NovelBrain®-Legend一體機(jī)
經(jīng)過8年的精心開發(fā),數(shù)千個項(xiàng)目的實(shí)戰(zhàn)檢驗(yàn),作為國內(nèi)主要生物私有云供應(yīng)商的烈冰科技重磅推出NovelBrain®-Legend一體機(jī),該系列只需一臺服務(wù)器即可進(jìn)行搭建,數(shù)據(jù)存儲和分析均調(diào)用本地服務(wù)器資源,能同時(shí)兼顧輕量級、便捷分析、自行上線工具和物種管理等不同需求。同時(shí),Legend系列依舊采用Hadoop生態(tài)系統(tǒng)中的YARN調(diào)度和輕量虛擬化技術(shù)Docker,在此基礎(chǔ)上,烈冰科技研發(fā)團(tuán)隊(duì)進(jìn)行了二次開發(fā)和底層代碼優(yōu)化,進(jìn)一步增強(qiáng)了YARN對Docker的支持,并在上層實(shí)現(xiàn)了針對生物大數(shù)據(jù)的精細(xì)化任務(wù)調(diào)度機(jī)制。
本次為中山大學(xué)人類病毒學(xué)研究所搭建的NovelBrain®-Legend一體機(jī)L7,一次提供包含外顯子、基因組、轉(zhuǎn)錄組、全轉(zhuǎn)錄組、小RNA、circRNA、lncRNA、WGBS在內(nèi)共八條自動化分析工作流,并預(yù)裝多達(dá)120項(xiàng)分析功能。作為業(yè)內(nèi)實(shí)現(xiàn)高度定制化分析的云計(jì)算平臺,烈冰科技充分考慮到用戶復(fù)雜多變的研發(fā)需求,使用過程中不僅能新建或修改工作流,而且能在分析運(yùn)行前、運(yùn)行中、運(yùn)行后均可任意修改和運(yùn)行分析流程。分析運(yùn)行結(jié)束后即可進(jìn)入結(jié)果頁面查看或下載,圖表均能直接用于SCI文章發(fā)表。同時(shí),用戶在熟悉某個分析軟件或流程的基礎(chǔ)上,可經(jīng)過簡單配置方便地添加進(jìn)系統(tǒng),成為自己的專屬分析工具,真正體驗(yàn)大數(shù)據(jù)時(shí)代云計(jì)算和生物信息分析的精髓!
NovelBrain®云計(jì)算平臺8年間歷經(jīng)海量數(shù)據(jù)檢驗(yàn),已為400+國內(nèi)外機(jī)構(gòu)服務(wù)2000+項(xiàng)目,從國內(nèi)circRNA研究文章(Sci Rep. 2016 Mar 2;6:22572.)到此個人類血液外泌體長鏈RNA數(shù)據(jù)庫exoRBase(www.exoRBase.org),從基于Ion Proton測序儀的第一篇轉(zhuǎn)錄組文獻(xiàn)(BMC Med Genomics. 2014 Aug 9;7:49)到第一篇高分轉(zhuǎn)錄組文獻(xiàn)(Nature. 2016 Feb 4;530(7588):98-102),NovelBrain®云計(jì)算平臺身經(jīng)百戰(zhàn),不懼考驗(yàn)。
此次與中山大學(xué)人類病毒學(xué)研究所張輝教授團(tuán)隊(duì)的合作,雙方旨在全面推進(jìn)病毒產(chǎn)學(xué)研一體化研究,為精準(zhǔn)醫(yī)療時(shí)代貢獻(xiàn)中堅(jiān)力量。
2017年10月,烈冰科技NovelBrain®-Legend一體機(jī)正式發(fā)布,并憑借其輕量級和高性價(jià)比等先天優(yōu)勢,在發(fā)布當(dāng)天即與英拜生物達(dá)成戰(zhàn)略合作。至此,NovelBrain®全系列產(chǎn)品線部署完畢,包含NovelBrain®-Skywalker公有云、NovelBrain®-Diamond私有云、NovelBrain®-Legend一體機(jī)和NovelBrain®-Solar企業(yè)版公有云,在業(yè)界內(nèi)掀起了一股零代碼生物信息分析的熱潮,全面開啟NovelBrain云時(shí)代。
關(guān)于中山大學(xué)人類病毒研究所
中山大學(xué)人類病毒學(xué)研究所由10多位國內(nèi)外知名病毒學(xué)家和免疫學(xué)家組成,主要研究方向?yàn)榱鞲?、艾滋、乙型肝炎等重大人類致病病毒的特異性藥物研發(fā)與免疫細(xì)胞的再生工程,已成功開發(fā)出多個新型的抗艾滋、乙肝、寨卡、埃博拉病毒候選藥物,在人類與病毒的長期斗爭中做出了重大貢獻(xiàn)。團(tuán)隊(duì)帶頭人張輝,曾任美國賓州托馬斯-杰佛遜大學(xué)人類病毒學(xué)和生物防護(hù)研究所副所長、教授,現(xiàn)任中山大學(xué)人類病毒研究所所長,在《NEJM》、《Nature》、《Nature Medicine》、《PNAS》、《JBC》,《JVI》等權(quán)威刊物發(fā)表了大量高質(zhì)量論文,擁有多項(xiàng)國內(nèi)外專利。
關(guān)于烈冰科技
上海烈冰信息科技有限公司是一家專注于生命科學(xué)研究與大數(shù)據(jù)挖掘的高新技術(shù)企業(yè),主營業(yè)務(wù)涵蓋生物云計(jì)算、科研服務(wù)和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)三大領(lǐng)域。烈冰科技自主開發(fā)的基因大數(shù)據(jù)分析平臺(NovelBrain®)擁有強(qiáng)大的高性能計(jì)算能力、完善的樣本及大數(shù)據(jù)管理系統(tǒng),同時(shí)具備深度挖掘能力,并支持定制化分析模塊自主上線。旗下Skywalker公有云、Diamond私有云、Legend單體機(jī)和Solar企業(yè)版公有云系列產(chǎn)品,能滿足不同體量客戶的多元化需求。烈冰科技為生命科學(xué)研究提供了高品質(zhì)的開放云服務(wù),也為生物大數(shù)據(jù)時(shí)代提供了高質(zhì)量云解決方案。